Я столкнулся с этой проблемой, делая что-то подобное.
То, что я делал, было что-то вроде echo string | sha256sum
, я думаю.
Я бы получил другой результат, когда бы запустил это через генератор хеша php. Причина была в новой строке с добавленным эхом.
Я не знаю, используете ли вы echo, но попробуйте echo -n string | sha256num
.