Не должно быть ничего специфического для Fluent nHibernate, которое вызывает проблемы с Firebird или любой другой базой данных в этом отношении - это точка nHibernate, и FnH - просто слой над ним.
Если вы публикуетенекоторые ошибки кто-то может помочь вам лучше, потому что невозможно понять, что это не так.Можете ли вы подключиться к Firebird через обычное отображение NH в вашей текущей среде, например?