MySQL поддерживает многотабличный синтаксис UPDATE, который значительно упрощает этот тип работы.
ALTER TABLE Class_Books ADD COLUMNS Book_Id INT; -- nullable
UPDATE Books b JOIN Class_Books cb ON b.ISBN = cb.ISBN
SET cb.Book_Id = b.Book_Id;
Затем вы можете использовать ALTER TABLE, чтобы изменить ограничения, сделать cb.Book_Id NOT NULL
и удалить cb.ISBN.
PS: я рекомендую называть Class_Books таблицей «многие ко многим» или таблицей пересечения . Слово отношение означает нечто иное в теории отношений, и оно не имеет ничего общего с отношениями между таблицами.