Спасибо, что подняли этот вопрос! Я только столкнулся с этим с Subversive 2.2.2 на Eclipse Indigo (3.7).
Очистка репозитория не сработала, но я заметил, что локальная копия имеет старый номер ревизии (например, 2, где текущее значение равно 37), хотя я уверен, что зафиксировал перед пометкой.
Так что в итоге я заменил локальный код на последний из репозитория, который обновил номер редакции. После этого теги работали как шарм.