Я полагаю, что вы могли бы сделать это с помощью инструмента TaskKill с синтаксисом, подобным следующему:
taskkill /f /im Excel.exe
Однако правильное решение - обратиться к разработчикамПриложения VB.Net и VBA для правильного закрытия Excel, когда они закончат с ними (здесь, на SO, есть вопросы / ответы, описывающие, как убедиться, что он красиво закрылся, если они не знают, как).