Вам понадобится больше деталей, чтобы это сработало, но вы можете подумать о написании оболочки, которая вызывается непосредственно кодом VB6.
В оболочке вы можете использовать комбинацию файлов конфигурации и доменов приложений для загрузки любых сборок .NET, которые вы пожелаете, с использованием любых правил, которые вы пожелаете. (Например, вы можете загружать и выгружать сборки на лету.)