Просто поместите его в цель AfterBuild одного из ваших проектов - возможно, лучше всего поместить его в проект, находящийся в верхней части вашего графика зависимостей.Вы можете добавить условие, если вы не хотите, чтобы оно выполнялось в Visual Studio, или если вы хотите выполнять только передачу по FTP для конкретной конфигурации сборки.Например:
<Project>
...
<Target Name="AfterBuild" Condition="'$(BuildingInsideVisualStudio)'!='true'" >
<!-- Insert your FTP task here -->
</Target>
</Project>
См. Как: расширить процесс сборки Visual Studio