Вы не можете сделать это с помощью инструментов командной строки, потому что автономный режим является функцией Visual Studio, а не TFS.
Инструменты всегда работают напрямую с TFS, поэтому он должен быть онлайн и доступен в это время.
Поправка, касающаяся вашей P.S .: Что Visual Studio делает в автономном режиме, так это просто устанавливает локальные файлы для записи и «запоминает», с какими файлами это было сделано. Затем, снова выходя в сеть, он проверяет любые изменения в это время. Если они были, он запускает процесс слияния, если его не было, он проверяет файл, не получая его.
Нет причины, по которой вы не могли бы выполнить этот же процесс вручную, просто удобнее с VS.
Кстати: почему бы не найти решение для этих "висящих файлов"? Просто создайте решение emtpy и добавьте их как элементы решения. Таким образом, вы можете использовать автономный режим VS.