Это не работало в моих модульных тестах, потому что я только вызывал загрузчик приложения, а не вызывал run.
/** Zend_Application */
require_once 'Zend/Application.php';
// Create application, bootstrap, and run
$application = new Zend_Application(
APPLICATION_ENV,
APPLICATION_PATH . '/configs/application.ini'
);
$application->bootstrap();
Чтобы исправить проблему, я добавил это в boostrap phpunit
$appBootstrap = $application->getBootstrap();
$front = $appBootstrap->getResource('FrontController');
$front->setParam('bootstrap', $appBootstrap);
и теперь $bootstrap = $this->getInvokeArg('bootstrap');
отлично работает в PHPUnit.