Это зависит от того, о какой Ajax Framework вы говорите, для ASP.NET AJAX вам нужно возиться с ScriptManager (Proxy), который немного усложняет, но не настолько, что это очень сложно ...
семплов из Ra-Ajax в основном все используют MasterPages, без необходимости возиться с ScriptManager или ScriptManagerProxy. Но Ra-Ajax основан на совершенно другой архитектуре, чем ASP.NET AJAX ...
Кстати, я работаю с Ra-Ajax и вряд ли могу быть определен как "нейтральный" ...