Я не знаю, как работает ваше приложение, но если ваше приложение рекурсивно обрабатывает папки с учетом корневой папки, очень вероятно, что вы удвоите свои файлы.
Вот несколько вариантов
Вариант 1
если у вас есть полный контроль над приложением, вы можете изменить свое приложение так, чтобы оно отображалось в списке папок (из файла конфигурации).
myprogram.exe file1.config
myprogram.exe file2.config
где file1.config содержит имена каталогов 1-50
и file2.config содержит имена каталогов 51-100
Вариант 2
используйте цикл for в ваших o / s, чтобы явно указать, какие папки должна обрабатывать ваша программа. (Примечание: я указал синтаксис команды DOS. Пожалуйста, измените ваш в соответствии с вашим O / S).
for %f in (dir1, dir2, dir3, dir4) do start myprogram.exe %f
for %f in (dir11, dir12, dir13, dir14) do start myprogram.exe %f