Другой вариант - использовать Сухосин. Затем вы могли бы по крайней мере ограничить, откуда именно системный вызов может и, в свою очередь, ограничить доступ к этому каталогу.
Вот базовый пример конфигурации vhost.conf, где shell_exec блокируется везде в вашем домене, кроме папки ffmpeg, использующей Suhosin
<virtualhost *:80>
ServerName your.server
DocumentRoot "/var/your/public_html"
php_admin_value suhosin.executor.func.blacklist "shell_exec, passthru, show_source, system, pcntl_exec, popen, pclose, proc_open, proc_nice, proc_terminate, proc_get_status, proc_close, leak, apache_child_terminate, posix_kill, posix_mkfifo, posix_setpgid, posix_setsid, posix_setuid, escapeshellcmd, escapeshellarg, exec"
<Directory "/var/your/public_html/ffmpeg-folder">
php_admin_value suhosin.executor.func.blacklist "passthru, show_source, system, pcntl_exec, popen, pclose, proc_open, proc_nice, proc_terminate, proc_get_status, proc_close, leak, apache_child_terminate, posix_kill, posix_mkfifo, posix_setpgid, posix_setsid, posix_setuid, escapeshellcmd, escapeshellarg, exec"
</Directory>
</virtualhost>