Вы можете создать свою собственную прошивку Android и попытаться заменить подсистему SMS на любую другую.
Вы можете написать свой собственный клиент SMPP и распространять его через Маркет, предположительно (я не знаю много о SMPP).
Вы не можете изменить подсистему SMS на существующем телефоне через приложение, распространяемое через Маркет.