Это отличный вопрос, Крис. Использование CDT со ссылками между проектами (или ссылками между конфигурациями) никогда не работало хорошо. На платформе просто недостаточно информации для того, чтобы CDT выполнила правильный объем строительства - в результате часто происходит слишком много строительства.
Сейчас происходит работа, чтобы исправить это. Концепция конфигураций сборки добавляется в платформу для Eclipse 3.7: ошибка 325489
А в CDT мы работаем над улучшением построения ссылок: ошибка 309769 .
Из вашего вопроса неясно, используете ли вы встроенную управляемую сборку CDT или запускаете make на своих собственных make-файлах. В любом случае ситуация будет лучше, так как вы сможете легко определить ссылки на уровне конфигурации в Eclipse 3.7 с CDT 8.