Flash и AIR работают точно так же на Android, как и на ПК - аналогичные технологии, но Flash воспроизводится в браузере, а приложения AIR используются как родные приложения. Другими словами, чтобы использовать приложение AIR, вы обычно устанавливаете его из Google Market и добавляете ярлык к нему на домашний экран, затем запускаете его и используете как любое другое приложение. Принимая во внимание, что для флэш-контента вы будете переходить по ссылке или закладке и просматривать контент, встроенный в веб-страницу.
В любом случае возможности двух движков схожи (AIR делает в основном все, что делает Flash, и добавляет некоторые дополнительные функции, подходящие для приложений), но разница в том, как вы получаете доступ к контенту и используете его.