Вам может помочь набор плагинов vIDE - это инструмент, основанный на GMF, который я сейчас разрабатываю.Вы можете проверить проект здесь .
Он все еще далек от стабильного или законченного, но вы можете нарисовать в нем блок-схемы, которые динамически преобразуются в модели Ecore (которые в перспективе можно экспортировать вXML).
В настоящее время мои усилия направлены на поддержку генерации исполняемого кода Python из нарисованной потоковой диаграммы.