Вы, вероятно, удалили / переместили некоторые файлы / каталоги непосредственно из файловой системы, а не с помощью команд SVN. Иногда это может привести к затруднению работы каталога, если он не может определить различия с хранилищем.
Попробуйте сначала выполнить очистку, а в случае неудачи верните этот каталог и попробуйте использовать команды SVN для изменения структуры файла каталога (удаление / перемещение).