Нет. Это ограничение видеокодеков, поддерживаемых браузерами: mp4, ogv и webm в настоящее время не поддерживают альфа-каналы.
Есть обходные пути, но они включают повторную визуализацию видео с использованием Canvas, и это своего рода хак. seeThru является одним примером. Он хорошо работает в браузерах HTML5 для настольных компьютеров (даже в IE9), но, похоже, не очень хорошо работает на мобильных устройствах. Я не мог заставить его работать на Chrome для Android. Он работал на Firefox для Android, но с довольно паршивой частотой кадров. Я думаю, вам не повезло с мобильным телефоном, хотя я бы хотел оказаться неправым.