Я использую Joomla с включенным плагином «System - Mootools Upgrade» (поэтому MT 1.2.4 уже включен и готов к использованию).
если mootools уже включен, то ваш блок скриптов domready должен быть после вызова, чтобы включить mootools, чтобы были определены его символы и методы.
обычно:
<script type="text/javascript" src="mootools.js"></script>
<script type="text/javascript">
window.addEvent("domready", function() {
// code here
});
</script>
если ваш скрипт вряд ли выдаст что-то, что связано с переменными шаблона, которые вы выводите, и вы просто работаете с DOM, то я бы предложил вместо этого переместить его во внешний файл .js.
Другие передовые практики ATM, похоже, указывает на то, что все js находятся внизу, поэтому он неблокирует и работает быстрее, но это сводит на нет точку готовности, так как к моменту запуска js все элементы страницы определены, он не будет срабатывать раньше (вы уже можете ссылаться на dom).