Некоторому классу, который вы используете, требуются собственные библиотеки, и JVM не может их найти. Вам нужно установить LD_LIBRARY_PATH в linux / unix или начать со свойства -Djava.library.path = PATH, где расположены библиотеки (последний работает как в Linux, так и в Windows).
Например: "LD_LIBRARY_PATH = / my / libs java -cp foo jython.repl"
Должен быть флаг, который вы можете передать jvm для вывода диагностической информации о нагрузках jni.