Нет, не будет. Он всегда правильно его подбирает. Вы уверены, что это происходит? Потому что на всех моих установках CakePHP он работает правильно. В этом весь смысл использования помощника Form и помощника HTML, они получат правильный путь независимо от того, где вы его развернули.
Когда вы используете jquery, один из способов решить эту проблему - использовать приведенный ниже код для генерации URL-адреса вместо жесткого кодирования.
<?php echo $html->url('controller' => 'foo', 'action' => 'bar'); ?>