Да, и нет точного ответа: -)
При наличии одного хоста с одним экземпляром на каждом сервере BizTalk применяет простой циклический подход к балансировке нагрузки; поскольку служба (оркестровка или конвейер) привязана к хосту, ответом будет то, что для одной службы невозможно назначить больший «вес» для конкретного сервера - нагрузка будет равномерно распределена между экземплярами.
Однако, если у вас есть несколько служб, и это имеет смысл, вы можете распространять некоторые из них исключительно на физическую коробку, а некоторые - на обе; это будет означать, что физическая коробка будет больше загружаться по сравнению с виртуальной.
Очевидно, что в конфигурации с двумя серверами это означает, что вы теряете избыточность, хотя это решение я бы не принял легко, поэтому я бы рекомендовал против него.
(сказав это - вы говорите, что у вас есть один блок SQL, так что, возможно, избыточность не является серьезной проблемой?)