Может быть возможно поменять хранилище данных одной строкой, но я не уверен, что лучшая идея сделать это. Хранилище данных App Engine не является реляционной базой данных и на самом деле сильно отличается от одного.
Когда вы разрабатываете свою схему, вы должны либо делать это, думая в реляционном мышлении или в нереляционном, и даже если изменить провайдера хранилища данных в один ряд, это определенно не -линер для изменения вашей схемы.
Попытка поместить вашу реляционную схему в нереляционное хранилище данных будет в лучшем случае крайне неэффективной. И наоборот.
Поэтому я советую либо спроектировать вашу схему, основываясь на знании того, что она будет находиться в нереляционном хранилище данных, таком как App Engine, либо реляционно, в другой системе хранилищ данных.