Если вы говорите о Framework / SDK, а не об IDE.
Я бы настоятельно рекомендовал Flex4 поверх Flex3, поэтому создание настраиваемых пользовательских интерфейсов во много раз проще, чем с Flex3, благодаря добавлениюкаркаса компонентов Spark.
С точки зрения производительности, каркас Flex4 также обычно улучшен по сравнению с Flex3.