Я сделал свое собственное исправление. Перед запуском fadeOut я запускаю эту функцию:
/**
* Keep the window height, to avoid user being thrown up (i.e. on fade out, remove, hide, etc)
*/
function keepHeight() {
$('body').css('min-height', $(document).height());
}
Так, например:
/**
* Keep window height
*/
keepHeight();
/**
* Fade out
*/
$('#someDiv').fadeOut();