То, что я сделал (и я не говорю, что это, в общем, хорошая идея, но в моем конкретном случае это сработало), заключалось в разделении базы кода на библиотеку и пользовательский интерфейс. Библиотека не включала в себя специфические для J2ME материалы и не включала в себя ничего такого, чего у J2SE не было в J2ME. В результате вы можете проверить его в NetBeans как проект J2SE, и он будет скомпилирован. Затем я написал тесты JUnit в контексте J2SE. Это не помогает тестировать пользовательский интерфейс, но позволяет очень легко протестировать библиотеку.
Похоже, вы нашли более полное решение, которое тестирует оба. Можете ли вы уточнить, какой микроэмулятор вы использовали?