InstallShield по умолчанию устанавливает новые компоненты в Свойства и Зависимости. Вы должны установить это только в свойствах. Также вы должны войти в Инструменты | Варианты | .NET и измените значение по умолчанию.
Кроме того, я думаю, что этот шаблон настолько ужасен, что у меня на самом деле есть шаг автоматизации сборки, который просматривает журнал сборки для сборок, собранных таким образом, и вызывает разрыв сборки. Это не очень детерминированный процесс, и сканер часто добавляет глупые ссылки, такие как System.Windows.Forms.dll, в установщик.