Под "настроенным в WebSphere 6.1" вы имеете в виду очереди / темы, определенные с помощью стандартного поставщика сообщений WebSphere (внутреннего) или стороннего поставщика JMS?
Кроме того, если вы сообщите нам, какие ошибки вы испытываете при работе с HermesJMS, возможно, мы вам поможем.
Isaac