Если вы не хотите редактировать скрипт Ant, вы можете добавить опции -keep в proguard.cfg для классов в этих внешних jar-файлах.Например:
-keep class othercode.** { *; }
Или с регулярным выражением, содержащим отрицатель:
-keep class !mycode.** { *; }
Стандартный скрипт Ant все равно объединит все ссылочные банки в один выходной jar.