При использовании разметки:
<%-- Your comment --%>
Или напишите это:
<% if (this.DesignMode) {%>
Some informative text
<% } %>
Я протестировал последний в тестовом проекте.Когда я перетаскиваю пользовательский элемент управления, содержащий этот код, я вижу его (VS2010), и когда я его запускаю, в сгенерированном html ничего не остается.