Модуль SQLite FTS создает несколько «внутренних» таблиц для каждой виртуальной таблицы, которую вы определяете. Эти таблицы хорошо видны в схеме базы данных, поэтому виртуальные таблицы FTS, а также их базовые данные полностью содержатся в файле базы данных.
Это может отличаться от других типов виртуальных таблиц; например расширение VirtualShape позволяет считывать файлы шейп-файлов ESRI (.shp) в виде таблиц; они (естественно) хранятся отдельно от файла базы данных SQLite.
В любом случае определение любой виртуальной таблицы хранится в файле базы данных, как обычная таблица; поэтому ответ на ваш вопрос:
Нет, нет необходимости создавать их заново каждый раз, когда вы открываете базу данных.