git submodule foreach --recursive git checkout .
Это не помогло мне, но дало мне список файлов (в моем случае только один), которые были изменены в подмодуле (без того, чтобы я там что-то делал).
Таким образом, я мог перейти к субмодулю, и состояние git показало, что мой HEAD был отсоединен -> мастер git checkout, статус git, чтобы снова увидеть измененный файл, git checkout> filename <, git pull и все в порядке снова. </p>