Я не думаю, что есть простой способ сделать это. Лучше всего, чтобы страница на вашем сервере выступала в качестве прокси-сервера для извлечения страницы с другого сайта, а затем изменила HTML-код, который вы получаете, чтобы удалить всплывающие окна. Задача не из легких, но возможная. Как POC, вы могли бы явно ориентироваться на известные вам всплывающие окна, ища URL-адрес страницы, которую они открывают.