Я бы предположил, что «Объект не поддерживает это свойство или метод» возникает из-за вызова одного из методов расширенных элементов Prototype (которые не применяются автоматически в IE). Тем не менее, все элементы, с которыми вы имеете дело, взяты из LowPro или функции $ (), которая должна расширить элементы для вас.
Вы можете попробовать это и посмотреть, решит ли это проблему:
var listItem = Element.extend($li({id: 'item-1'},
Element.extend($strong("Some text"))
));
$('a_list').appendChild(listItem);
Если это исправит, то LowPro не расширяет элементы, что очень странно. Если этого не произойдет, то должно быть что-то еще не так, вы можете опубликовать демонстрационную страницу где-нибудь?