Git на самом деле не хранит каталоги. Он просто создает каталоги там, где он нужен, чтобы хранить файлы, которые находятся в хранилище. Если новый клон все еще создает эти каталоги, убедитесь, что у вас нет файлов, которые вы не видите (например, .gitignore).