Я бы просто использовал методы работы со строками PHP, чтобы заменить первый экземпляр найденного текста его модифицированной версией.Например:
<?php
$navStr = wp_list_pages('title_li=&depth=2&sort_column=menu_order&echo=0');
$navStr = preg_replace('/<li class="/i', '<li value="1" class="', $navStr, 1);
echo $navStr;
?>