Длинное и короткое, вы не можете полностью. Что вы можете сделать, так это продолжать использовать API, которые доступны в версии 3.1 в течение длительного периода времени. Однако, если 4.3 устарел каким-либо методом, который устарел в 4.4, и вы игнорируете предупреждение об устаревании, у вас будут проблемы.
Лучший способ реагировать в этих случаях, если у вас есть метод, который доступен только до 4.2, например, вам придется обработать этот случай. Обычно это делается с проверкой стиля respondsToSelector: и слабым связыванием со структурой, которая обеспечивает это. Это, однако, не решит ситуацию, когда указанный метод может быть недоступен в 4.3, но Apple обычно довольно хорошо предоставляет новый API, если он не поддерживает другой, поэтому вы можете просто проверить это, если он существует, использовать его, в противном случае вызовите старый метод.
Такие мелочи помогут вам защитить ваше приложение в будущем, но они не на 100%. Хорошая вещь, как правило, они дают вам много времени, чтобы ответить (серьезная версия прошивки iOS, прежде чем они станут проблемой для вас).