Реальный путь к файлу в корневом каталоге веб-приложения можно получить с помощью ServletContext.getRealPath().
Обратите внимание, что этот метод может возвращать null, если концепция реального пути не имеет смыслав вашей конфигурации развертывания (например, приложение развертывается как распакованный .war), в этом случае вы не можете создать файл там.
Экземпляр ServletContext в Spring может быть подключен автоматически.