Одним из недостатков является то, что вам нужно будет экранировать специальные символы вручную.Поэтому вам необходимо кодировать символы, такие как>, <и & (см. <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/HTML_encoding" rel="nofollow"> статью Википедии о кодировании HTML).
Это довольно тривиально, поскольку существуют утилиты для этого, встроенные в библиотеки .NET, например HttpServerUtility.HtmlEncode , но многие люди забудут об этом и не протестируют все особые случаи..
Другим недостатком является то, что если вы просто заполняете div произвольным HTML, это означает, что вы, вероятно, создаете HTML вручную, что может пойти не так, если вы просто используете конкатенацию строк.или что-то подобное.
Если вы работаете на стороне клиента, гораздо лучше просто полагаться на добавление элементов в DOM, чем на установку innerHTML.