Если я правильно понял вопрос, вы хотите:
git svn clone
--trunk=MyDepartment\MyOS\Project1\trunk
--tags=MyDepartment\MyOS\Project1\tags
--branches=MyDepartment\MyOS\Project1\branch
http://svn-repository/
Обновление: вы можете включить более одной --branches и --tags:
git svn clone
--trunk=MyDepartment\MyOS\Project1\trunk
--tags=MyDepartment\MyOS\Project1\tags
--tags=MyDepartment\MyOS\Project2\tags
--tags=OtherDepatment\MyOS\Project1\tags
--branches=MyDepartment\MyOS\Project1\branch
--branches=MyDepartment\MyOS\Project2\branch
--branches=OtherDepartment\MyOS\Project1\branch
http://svn-repository/
Очевидно, вы не можете иметь больше одного ствола.
Git действительно предназначен для поддержки одного проекта в одном репозитории, а не нескольких проектов в одном репо.Я полагаю, вы столкнетесь со многими проблемами, пытаясь использовать его таким образом.