Вы можете быть совершенно уверены, что если у вас есть DOM XML, ссылки на элементы в DOM будут недействительными после шифрования.Я еще не видел библиотеку, которая не изменяет «оригинальное» дерево (даже если оно не говорит об этом явно, как Apache XML-sec. Конечно, они не будут волшебным образом появляться после расшифровки.* Не могли бы вы взглянуть и на свой связанный вопрос?