Звучит нормально. Если под «ссылкой» вы подразумеваете ссылку как сборку, копируется только двоичный вывод. Вы не ссылаетесь на .config, и если вы скопируете его вручную, он не будет использоваться.
Вам придется скопировать соответствующие разделы из ссылочного конфига в основной.
Конечно, если вы хотите запустить другое приложение, оно станет другой историей.