Типичным решением этой проблемы является использование процесса автоматической сборки для создания официальной сборки из ваших исходных рабочих копий и исключения этих папок из официальных сборок. Вы также захотите включить другие исходные файлы, файлы проекта и все остальное, что является частью вашей рабочей копии разработки, но не требуется при развертывании.
Вы также захотите изменить флаг отладки в вашем файле Web.config. И вы захотите создать и запустить модульные тесты. И вы можете запустить fxcop / stylecop. И могут быть другие вещи. Автоматическая сборка очень полезна. Кажется, что много работы, если все, что вы изначально хотите сделать, это удалить папки .svn, но в конце вы обнаружите, что на самом деле вы хотите сделать гораздо больше, чем просто, и автоматизация того стоит .
TeamCity - отличный коммерческий продукт с бесплатной версией для поддержки автоматических сборок. Круиз-контроль .NET тоже работает нормально.
http://www.jetbrains.com/teamcity/
http://confluence.public.thoughtworks.org/display/CCNET/Welcome+to+CruiseControl.NET