Не думаю, что вы правильно вызываете Ajax.Request. Из документации, параметр параметров:
"Параметры для запроса, который будет закодирован в URL для метода get или в тело запроса для других методов. Это может быть предоставлено либо в виде строки в кодировке URL, либо в виде любого Hash совместимый объект (в основном что-нибудь) со свойствами, представляющими параметры. "
Я думаю, тебе нужно сделать что-то вроде
...
parameters: {json: JSONString}
...
и затем в вашем контроллере
request.json
обратите внимание на форму литерала объекта параметров - он сообщает библиотеке Prototype, что ключ запроса должен быть json, а значение запроса - строкой json. Вы получаете доступ к ключу объекта запроса в контроллере.
РЕДАКТИРОВАТЬ - Я только что понял, что ваш блок javascript поднят.
Это:
var JSONObject = new Object;
должно быть что-то вроде
var JSONObject = new Object();
...
Вы также можете использовать только литерал объекта, поэтому
var jsonObject = {};
....