Да, это ожидаемое поведение по умолчанию, так как обычно любые изменения, внесенные в файл web.config, вызывают перезапуск приложения, однако это может быть переопределено для файлов app.config.Из msdn :
Сохранение файла Web.config перезапускает приложение.В качестве альтернативы вы можете использовать атрибут configSource отдельных элементов раздела, чтобы указать на вторичный файл конфигурации, который не вызывает перезапуск приложения при его изменении.
Хотя вы переместили некоторые из ваших конфигураций в связанныйКонфигурационный файл, они по-прежнему являются частью вашего файла web.config, и любые внесенные в него изменения будут иметь тот же эффект, как если бы вы сделали изменение непосредственно в самом файле web.config.Однако вы можете указать раздел, чтобы не перезапускать приложение при изменении, используя атрибут restartOnExternalChanges в определении раздела.См. здесь и здесь для получения дополнительной информации.Однако, согласно документации, это недопустимо для приложений ASP.NET, что делает приведенное выше утверждение немного вводящим в заблуждение.