Вы можете попробовать это с com4j.
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/microsoft.office.interop.word.documents.open2000.aspx
Поскольку в методе open есть параметр с именем PasswordDocument, я думаю, что можно открытьФайл, защищенный паролем.
Надеюсь, это то, что вы искали;)
Редактировать: я записал этот макрос в Word.должен выглядеть примерно так (пароль "Hallo"):
_Document document = app.documents().open2000(doc, false, false, false, "hallo", "", false, "hallo", "", WdOpenFormat.wdOpenFormatAuto, false, true);