Приложение, написанное с использованием классов MFC, скорее всего, не будет работать в Linux или Unix с точки зрения исходного кода. Вам придется переопределить большую часть MFC, используя X Windows. Qt является хорошей альтернативой, когда исходный код должен использоваться на нескольких платформах, например Windows и Linux.
Если вы просто хотите запустить скомпилированный .exe в Linux, есть проект Wine в Linux, который позволяет запускать приложение, используя «слой перевода», который работает в Linux.