Обычно безопасный управляемые проекты создают сборки IL, нейтральные с точки зрения целевой архитектуры. Сборка, созданная в 32-разрядной среде разработки, прекрасно работает на 64-разрядной машине, если на ней установлен надлежащий 64-разрядный .Net Framework. Проблемы появляются, только если вы используете небезопасные конструкции, такие как PInvoke, или если вы специально строите свои сборки для целевой платформы.
Теперь вопрос в том, почему вы пометили этот вопрос SQL Server 2005 и .Net 3.5? Сборки SQLCLR для SQL 2005 поддерживают только .Net 2.0. При развертывании сборки SQLCLR на 64-битном SQL Server, очевидно, должна быть установлена 64-битная версия .Net 2.0.