Для доступа ко всем существующим файлам:
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
Для доступа ко всем существующим каталогам:
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
Чтобы получить доступ к определенному файлу с именем handler.php:
RewriteCond %{REQUEST_URI} !=/handler.php
Для доступа к определенному каталогу с названием images:
RewriteCond %{REQUEST_URI} !=/images
RewriteCond %{REQUEST_URI} !=/images/(.*)
Например,
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_URI} !=/handler.php
RewriteCond %{REQUEST_URI} !=/images
RewriteCond %{REQUEST_URI} !=/images/(.*)
RewriteRule ^(.*)$ index.php?q=$1 [L,QSA]
Не проверено, но должно работать. Дай знать, если тебе нужна дополнительная помощь.