Это настройка ClickOnce? Может быть, вы хотите создать отдельный проект типа «Установка и развертывание» для создания установщика MSI, который не запускает ваше приложение?
Из вашего вопроса на самом деле не ясно, что вы пытаетесь сделать. Вы хотите установить приложение в целевой системе или просто хотите скопировать его в какую-нибудь папку и затем запустить?